Chapter 2 Importación de datos y carga de bibliotecas

2.1 Descarga de bibliotecas

## Cargar el paquete de recount3
library("recount3")
library("edgeR") # BiocManager::install("edgeR", update = FALSE)
library("ggplot2")
library("limma")
library("pheatmap")
library("RColorBrewer")

## Obtener todos los proyectos disponibles de recount3
human_projects <- available_projects()

2.2 Importación de datos y evaluación del objeto

## Descargar el proyecto SRP162774 - Variability in the Analgesic Response to Ibuprofen Following Third Molar Extraction is Associated with Differences in Activation of the Cyclooxygenase Pathway
proj_info <- subset(
    human_projects,
    project == "SRP162774" & project_type == "data_sources"
)

## Crea un objeto de clase RangedSummarizedExperiment (RSE) con la información a nivel de genes
rse_gene_SRP162774 <- create_rse(proj_info)

rse_gene_SRP162774

## class: RangedSummarizedExperiment 
## dim: 63856 911 
## metadata(8): time_created recount3_version ... annotation recount3_url
## assays(1): raw_counts
## rownames(63856): ENSG00000278704.1 ENSG00000277400.1 ...
##   ENSG00000182484.15_PAR_Y ENSG00000227159.8_PAR_Y
## rowData names(10): source type ... havana_gene tag
## colnames(911): SRR7911000 SRR7911001 ... SRR7910995 SRR7910996
## colData names(175): rail_id external_id ...
##   recount_pred.curated.cell_line BigWigURL

El objeto es analizado con el fin de conocer las categoría que contiene, y evaluar la homogeneidad de las mismas. Si existe algún problema tendrá que ser arreglado por medio de la curación o limpieza de los datos.

## Conversión de las cuentas por nucleotido a cuentas por lectura
assay(rse_gene_SRP162774, "counts") <- compute_read_counts(rse_gene_SRP162774)

##Obtener un resumen más completo sobre el objeto
rse_gene_SRP162774 <- expand_sra_attributes(rse_gene_SRP162774)

colData(rse_gene_SRP162774)[
    ,
    grepl("^sra_attribute", colnames(colData(rse_gene_SRP162774)))
]

## DataFrame with 911 rows and 8 columns
##            sra_attribute.cell_type sra_attribute.drug_treatment
##                        <character>                  <character>
## SRR7911000  peripheral blood mon..             ibuprofen sodium
## SRR7911001  peripheral blood mon..             ibuprofen sodium
## SRR7911004  peripheral blood mon..             ibuprofen sodium
## SRR7911005  peripheral blood mon..             ibuprofen sodium
## SRR7911006  peripheral blood mon..             ibuprofen sodium
## ...                            ...                          ...
## SRR7910943  peripheral blood mon..                      Placebo
## SRR7910948  peripheral blood mon..                      Placebo
## SRR7910954  peripheral blood mon..                      Placebo
## SRR7910995  peripheral blood mon..             ibuprofen sodium
## SRR7910996  peripheral blood mon..             ibuprofen sodium
##            sra_attribute.gender sra_attribute.library_barcode
##                     <character>                   <character>
## SRR7911000               female             TCTCGCGC-GGCTCTGA
## SRR7911001               female             TCTCGCGC-GGCTCTGA
## SRR7911004                 male             AGCGATAG-GGCTCTGA
## SRR7911005                 male             AGCGATAG-GGCTCTGA
## SRR7911006                 male             AGCGATAG-GGCTCTGA
## ...                         ...                           ...
## SRR7910943               female             CTGAAGCT-GGCTCTGA
## SRR7910948               female             TAATGCGC-GGCTCTGA
## SRR7910954               female             TAATGCGC-GGCTCTGA
## SRR7910995               female             TCTCGCGC-GGCTCTGA
## SRR7910996               female             TCTCGCGC-GGCTCTGA
##            sra_attribute.response_group sra_attribute.source_name
##                             <character>               <character>
## SRR7911000            Partial responder    peripheral blood mon..
## SRR7911001            Partial responder    peripheral blood mon..
## SRR7911004               Full responder    peripheral blood mon..
## SRR7911005               Full responder    peripheral blood mon..
## SRR7911006               Full responder    peripheral blood mon..
## ...                                 ...                       ...
## SRR7910943                      Placebo    peripheral blood mon..
## SRR7910948                      Placebo    peripheral blood mon..
## SRR7910954                      Placebo    peripheral blood mon..
## SRR7910995            Partial responder    peripheral blood mon..
## SRR7910996            Partial responder    peripheral blood mon..
##            sra_attribute.subject sra_attribute.timepoint
##                      <character>             <character>
## SRR7911000                  1021          post-surgery 2
## SRR7911001                  1021          post-surgery 2
## SRR7911004                  1022                baseline
## SRR7911005                  1022                baseline
## SRR7911006                  1022                baseline
## ...                          ...                     ...
## SRR7910943                  1020          post-surgery 1
## SRR7910948                  1020          post-surgery 2
## SRR7910954                  1020          post-surgery 2
## SRR7910995                  1021          post-surgery 2
## SRR7910996                  1021          post-surgery 2

Al observar una buena integridad de los datos en el paso anterior, no será necesario hacer una limpieza de ellos. Para el análisis de expresión diferencial, se utilizarán dos atributos del objeto drug_treatment y gender, ambos pueden ser manejados como dummy variables.

##Verificar los valores de las características a evaluar.
table(rse_gene_SRP162774$sra_attribute.drug_treatment)

## 
## ibuprofen sodium          Placebo 
##              577              334

table(rse_gene_SRP162774$sra_attribute.gender)

## 
## female   male 
##    416    495